במהלך טיפול קוגניטיבי-התנהגותי נעשה שימוש במגוון כלים וטכניקות:

1. זיהוי ושינוי מחשבות שליליות – המטפל עוזר למטופל לזהות את המחשבות השליליות האוטומטיות שלו שמובילות להרגשה השלילית והלא טובה. לאחר מכן, המטופל לומד להחליף אותן במחשבות מציאותיות וחיוביות יותר.

 2. חשיפה הדרגתית – טכניקה יעילה בטיפול בחרדות, בה המטופל נחשף בהדרגה למצב המפחיד / המאיים במטרה להתרגל אליו ולהפחית את עוצמת הפחד.

3. שינוי התנהגות – המטופל לומד לזהות דפוסי התנהגות מזיקים, כמו הימנעות או התנהגות כפייתית, ולבצע שינויים בהתנהגותו. המטרה היא לפתח הרגלים בריאים ומיטיבים יותר.

4. תרגול והרפיה – המטפל עשוי להדריך את המטופל בטכניקות הרפיה ונשימה, כדי לסייע לו בהתמודדות עם מתח ולחץ.

5. ניהול יומן – כלי שבו המטופל מתבקש לתעד את מחשבותיו, רגשותיו והפעולות שהוא נוקט ביום-יום. ניתוח היומן מסייע בזיהוי דפוסים שליליים ובהטמעת הכלים הנלמדים בטיפול.